FBBFK drejtohet nga tre organe qeverisëse: Kuvendi, Bordi dhe Këshilli Mbikëqyrës. Punën e përditshme e mbështesin kryetari, sekretari i përgjithshëm dhe komisionet e përhershme.
Kuvendi
Kuvendi është organi më i lartë i Federatës. Përbëhet nga një përfaqësues për çdo klub anëtar.
Kuvendi:
- përcakton politikën e përgjithshme të Federatës dhe vendos për çështjet financiare;
- zgjedh dhe shkarkon anëtarët e Bordit, kryetarin, nënkryetarët dhe Këshillin Mbikëqyrës;
- miraton raportet vjetore;
- vendos për pranimin, pezullimin dhe përjashtimin e klubeve anëtare;
- ndryshon Statutin (me dy të tretat e anëtarëve të pranishëm);
- miraton rregulloret e punës së vet, të Bordit dhe të Këshillit Mbikëqyrës;
- shqyrton ankesat dhe parashtresat.
Kuvendi mblidhet të paktën një herë në vit në Mbledhjen e Përgjithshme Vjetore. Kuvendi zgjedhor mbahet në vitin e Lojërave Olimpike Verore, pra çdo katër vjet. Mbledhja e jashtëzakonshme thirret kur e kërkojnë dy të tretat e klubeve anëtare ose Bordi.
Bordi
Bordi është organi ekzekutiv. Ai:
- menaxhon çështjet administrative, organizative dhe financiare, si dhe pronën e Federatës;
- zbaton vendimet e Kuvendit dhe organizon mbledhjet e tij;
- organizon të gjitha aktivitetet e Federatës;
- miraton kalendarin vjetor të garave;
- vendos për pjesëmarrjen e ekipit kombëtar në gara ndërkombëtare;
- propozon ndryshime të Statutit dhe miraton pjesën më të madhe të rregulloreve;
- themelon komisionet dhe emëron përfaqësuesit e Federatës.
Sipas Statutit, Bordi ka 11 anëtarë: kryetarin, dy nënkryetarë, shtatë anëtarë dhe një anëtar nga komisioni i sportistëve. Mandati është katërvjeçar. Burrat, gratë dhe komunitetet pakicë duhet të kenë mundësi të barabarta përfaqësimi. Bordi mblidhet të paktën katër herë në vit dhe vendos me shumicë votash. Anëtari me interes personal në një çështje nuk voton.
Kryetari dhe sekretari i përgjithshëm
Kryetari zgjidhet nga Kuvendi për katër vjet, për jo më shumë se dy mandate radhazi. Ai përfaqëson Federatën brenda vendit dhe jashtë, thërret dhe drejton Kuvendin dhe Bordin, mban lidhjet me institucionet shtetërore, Komitetin Olimpik të Kosovës dhe IFBB-në, dhe i raporton Kuvendit. Dy nënkryetarët e ndihmojnë dhe e zëvendësojnë kur mungon.
Sekretari i përgjithshëm emërohet nga Bordi me propozim të kryetarit. Ai drejton zyrën, kujdeset për zbatimin e vendimeve dhe koordinon bashkëpunimin me IFBB-në, me Komitetin Olimpik dhe me institucionet e sportit. Merr pjesë në Kuvend dhe në Bord vetëm si këshilltar, pa të drejtë vote.
Këshilli Mbikëqyrës
Këshilli Mbikëqyrës zgjidhet nga Kuvendi për katër vjet dhe mbikëqyr ligjshmërinë e punës së Federatës. Mund të kërkojë çdo dokument apo informacion, dhe zyra e Federatës është e detyruar t’ia japë. Anëtarët e tij nuk mund të mbajnë asnjë pozitë tjetër në Federatë: as në Bord, as në komisione, as si trajnerë të ekipit kombëtar. Këshilli zgjedh vetë kryesuesin dhe i raporton Kuvendit. Sipas rregullores së tij, Këshilli ka pesë anëtarë.
Komisionet e përhershme
Komisionet janë trupat operativë të Federatës. Aktualisht janë:
- Komisioni Disiplinor
- Komisioni i Garave
- Komisioni i Gjyqtarëve
- Komisioni për Ankesa
- Komisioni për përzgjedhjen e sportistëve të vitit
- Komisioni për Trajnerë dhe zhvillim profesional
Rregulloret parashikojnë edhe një komision të sportistëve. Kryesuesit e komisioneve zgjidhen nga Bordi përmes konkursit publik. Anëtarët e Bordit nuk mund të jenë anëtarë të komisioneve.
Si marrin pjesë klubet
- Çdo klub anëtar ka një përfaqësues në Kuvend me të drejtë vote.
- Klubi anëtar merr pjesë në garat zyrtare të Federatës.
- Klubet mund të propozojnë pika shtesë në rendin e ditës së Kuvendit. Ftesa me rendin e ditës u dërgohet të paktën 10 ditë para mbledhjes.
- Kuvendi mund të mbahet vetëm kur janë të pranishëm më shumë se gjysma e anëtarëve.
- Klubi i ri aplikon sipas Rregullores për regjistrim. Bordi e pranon përkohësisht, ndërsa Kuvendi e miraton me shumicë të thjeshtë.
- Klubi që nuk merr pjesë në të paktën tri gara zyrtare brenda vitit, ose nuk paguan anëtarësinë vjetore, humb të drejtën e votës në Kuvend.